Quem pensa que o Internato Médico foi sempre um processo estanque e isento de mudanças, desengane-se. As mudanças propostas relativas ao IM, preconizadas e recentemente mediatizadas nos últimos documentos governamentais, têm sido alvo de avanços e recuos que datam de 2004. Este processo de aperfeiçoamento, necessário em qualquer sistema educativo, adveio da constatação (e contestação) de estudantes e médicos relativamente a falhas e incoerências no modelo em vigor, tais como o hiato temporal entre o final do internato médico geral e o internato médico complementar e a necessidade de se submeter a um novo concurso, dependente da nota do internato geral, para o ingresso no internato complementar.
Assim, com o DL nº 203/2004, é abolido o conceito de “duplo internato” com a criação do “Ano Comum”. Este ano de formação geral antecede a formação especializada, garantida a todos os internos, e acessível por concurso, regido, uma vez mais pelas classificações obtidas na Prova Nacional de Seriação. Dito de forma simplista, todos os estudantes de Medicina têm direito a um Ano Comum e ao acesso numa especialidade médica. A autonomia médica só é, no entanto, dada no fim do primeiro ano de especialização. Este Decreto-Lei é finalmente aprovado em 2006, com a portaria nº183 e re-redigido em 2009, com o DL nº 45/2009, onde finalmente é decidido, entre outros assuntos, o ano de obtenção da autonomia médica, os elementos que devem decidir o número de vagas para cada especialidade e ainda a vinculação dos médicos internos. Este DL foi aprovado em 2011, com a portaria nº 251.